ImageJ分析免疫荧光图片平均荧光强度（批量分析宏）
Jingle进哥:
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i<list.length;i++){
filename=dir+list【i】;
if(endsWith(filename,"tif")){
open(filename);
run("8-bit");
setAutoThreshold("Default dark");
//run("Threshold...");
setThreshold(20, 255); //设置Threshold选出所有包含细胞的区域
run("Measure");
selectWindow(list【i】);
run("Close"); //关闭图片窗口
}
}
丢失鸳鸯肚兜的孙答应:
我有一个问题，就是都是做这个免疫荧光的mean，可是不同视野下的细胞数如果不一样，那阳性的细胞数也会不一样，那这个荧光强度不就不一样了嘛，统计对比的时候不用除以相应的dapi荧光值吗？？
【回复】回复 @二二的二是一二的二 :怎么能除dapi呢？你想清楚，整个图的荧光强度除总荧光面积就是单位荧光强度了，和有多少细胞根本没关系，荧光强度本身就是和荧光面积成正比的
【回复】回复 @淡烟乔木且回首 : 想不明白。相当于是整张图片的荧光强度除以整张图片中的细胞面积？
白斩鸡踢足球:
进哥，我现在一般用case viewer观察免疫荧光切片，但是有的图片染的比较深，有的比较浅，我看别人说可以调节软件里的color adjust里的三个参数，我想问一如果调整的话，是不是同一组的切片都需要将这三个参数统一调整到一样的值才能进行后续的半定量分析，拜托了🙏
【回复】回复 @依然monica : 你会了吗，教一下我
【回复】回复 @白斩鸡踢足球 : 你会了吗，教一下我
娜娜的小脸蛋_:
大佬 为啥报错 ['or '.expected in line 6
filename dir list <i>;
Show "Debug"Window
【回复】selectWindow(list【i】) 这里的 i的括号要换为电脑的 方括号
【回复】回复 @娜娜的小脸蛋_ : 换了也同样报错诶
【回复】你好，是重命名什么文件名称？图片的么？还是文件夹
paris7k0120:
run("Close"); //关闭图片窗口 这行代码需要更改为close();才能有效运行 谢谢大佬分享
【回复】回复 @三倍速的番茄 : 我也遇到同样问题，请问解决了吗
【回复】回复 @风从你那儿吹来 : close 小写 不是 Close
【回复】回复 @椰青真好喝 :他的blog里面那个运行有问题，要用b站评论区里面那个代码，修改下括号就可以运行了[doge]
crisewang0841:
谢谢进哥的分享，有个问题请教进哥，荧光定量分析要不要把细胞数标准化一下？因为荧光强度的算法是灰度值除以面积，面积是个相对固定值吧，如果我的荧光图片细胞数目有多有少，会不会影响真实的荧光强度结果？
【回复】回复 @ジュン_ちゃん : 面积应该是threshold圈住的面积吧
皓皓宝贝萼:
修改了一下错误，主要是括号打成了中文括号
而且要记得把图片重命名为123456...这样的格式
因为代码用的数字循环作为的名称
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i<list.length;i++){
filename=dir+list【i】;
if(endsWith(filename,"jpg")){
open(filename);
run("8-bit");
setAutoThreshold("Default dark");
//run("Threshold...");
setThreshold(20, 255); //设置Threshold选出所有包含细胞的区域
run("Measure");
selectWindow(list【i】);
run("Close"); //关闭图片窗口
}
}
肉松海带:
进哥感觉你审美很不错，能不能出一期sci用graphpad做图规范的视频，什么字体大小颜色之类，急[给心心]
环球戏精协会:
突然发现之前学imagej的时候经常看up的文字教程，这几天b站刷到还没反应过来。
谢谢up的教程先～
sweet莫愁:
这是我运行宏代码后出现的，只有打开了要分析的一系列图片，没有测量的结果。。求怎么解决这个问题
【回复】先测一张图片，出现的results界面不要删，再运行宏
东北猛汉欧阳蕙兰:
我用自动化脚本，最后没有显示批量分析的result结果弹窗是什么情况
会飞的鱼摆摆y:
我想问问单张图片荧光处理和merge后的处理有什么区别，博主，你讲的是两种方法吗？
飞雪若嫣:
建议老师加一下字幕，可以一键生成的那种都可以
长风盼月归:
为什么我的imageJ没有“Auto Threshold"啊？
养乐乐乐多zz:
学到了！请问每张图的阈值都必须保持一样吗？[思考]
