带你发核心论文| 网络药理学+分子对接+实验验证|【每周文献】

每一天都要好好过429:
up主，我做的是虚拟筛选，但是是临床医生的一个方子（非经典名方），已知一个靶点，想看看这个库里面有没有这个靶点的激动剂。但是看文献里面，做虚拟筛选的都选的TCMSP，做网络药理学的都是好几个靶点。所以现在我不知道我的这个如果写文章会被认可吗？[笑哭]或者，需要改成做网药or选TCMSP整个数据库作为配体。烦请up主看到了给予一点提示吧，谢谢

【回复】你非要筛那个方子的话，可以自己建库
HIHIinin:
你好我想问一下网络药理学中化合物成分一样，结构相似但不一致，pubchem的cid编号也不一样，建议进行分子对接吗

超大只的Jerry:
《使用AutoDock 开展分子对接实验详细流程》详见充电动态

序列之争zw:
我想问一下他是怎么找到这条通路的啊

喵呼小细胞:
你好，请教一下 为什么没有进行细胞验证

每一天都要好好过429:
请问，可以用好几台不同的电脑进行对接吗？因为对接的是整个数据库，太多了。如果发文章的话对设备有要求吗？或者说不同设备因为处理器或者其他不一样可能对结果有影响吗？这样的话发文章对原始数据会卡吗？

我大新哥:
想问下你的分子对接用的是什么数据库呢？视频里面没听清，谢谢。

青豆子zzZ:
up主，我想问一下如果一个化合物不能确定能不能进入细胞膜，但是我想研究的蛋白在线粒体内膜，这个能做分子对接吗，即使对接成功是不是也没有什么意义

【回复】回复 @青豆子zzZ :这个问题太宽泛了[笑哭]
【回复】回复 @星祈天Sunday :那怎么知道这个化合物能不能穿膜，我知道黄酮类化合物有些可以，但是没有找到文献说酰胺类的能不能穿膜，根据分子结构可以看出来吗，还是通过实验检测才知道
【回复】酰胺类化合物能入膜吗，查了半天文章也没找到
超大只的Jerry:
《SCI论文Cover letter撰写模板》详见充电动态

dilidiliccc:
up，如果已知了配体受体共价结合，还可以用autodock做分子对接吗？

【回复】回复 @白衣天使杨永信 :不客气😊
【回复】回复 @星祈天Sunday :嗯嗯，我在哔哩哔哩上找到了共价对接的教程，正想试试怎么做，谢谢up了
【回复】回复 @白衣天使杨永信 :对接是可以做到的，但是我常用的是autodock和vina，这两个是做不到，它们实现的是非共价对接，而其他软件可以做到，你提到的这个确实是个不错的方向，以后有时间我也去摸索摸索
每一天都要好好过429:
up主，有没有办法对小分子批量能量最小化呀？小分子太多了

【回复】通过Python或者r语言可以实现