中药复方网络药理学:8. 基于Cytoscape的复方成分-靶点网络基本调节与可视化
MS年:
老师,我想问一下关于cytoscape的节点筛选的问题。
我的网络图节点太多了,想先进行一个筛选。我看到一片文献的做法是选择 degree>平均degree2倍的节点,其余的节点删除。这个方法可行吗?
还有in-degree和out-degree的区别是什么?
谢谢大大了[打call]
【回复】1.我视频里就是这么讲的啊[tv_白眼]
2.in-degree和out-degree不建议使用,这俩更适合有指向的连线。对于无指向性连线,选择column,然后筛选degree更好。
【回复】回复 @誉川中医药 :好的,谢谢大大[拥抱]
【回复】回复 @誉川中医药 :大大,我的选项里没有degree,只有in和outdegree
想要变美丽的夜猫子:
up主太棒了,但是我想知道药物-药物成分靶点-疾病靶点三者的网络图怎么做?就是在您的图的基础上加上疾病的靶点怎么弄
【回复】你好~你得问题解决了没?我也想问这个
【回复】疾病和化合物靶点求交集,再做出一个疾病与靶点的两列表加节点属性表加在总表里,我是这么做的,剩余的步骤基本差不多
【回复】回复 @赵小喵哦 : 请问可以再细说吗,谢谢你
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