中药复方网络药理学:13.2 基于David的GO及KEGG分析
士气论:
感谢up主,那个生信自学网的教学视频讲的太程式化了,根本搞不懂是什么东西,up 主的讲解很透彻,每个视频都送硬币了,感谢!另外不知道up主有没有空做一个关于分子对接的视频,这方面我还是有点疑惑,再次感谢haqyqs:
up你好,我对如何从David以及metascape上导出的KEGG富集通路数据中将前20条重要通路筛选出来不是很明白呢,那个是以某一个参考标准(比如说PValue、校正后的P值或者count值等等中的一个)进行排序筛选,还是说多个参考标准值进行综合排序(如果是多标准综合排序,这个在Excel上能操作的出来吗?)
最后我对metascape上KEGG富集中那个通路柱状图的通路排序不是很明白。图中显示的那几条通路就是排序最靠前的通路吗?因为我将网页上的通路数据展开,发现下面还有很多条通路,并且这些通路的logP值以及count值都和图中排序第一的通路数值极为接近,但是却没有在图中显示,反而一些logP以及count相对低的通路却被选上进行图示,所以感觉很困惑,这是为什么呢?
问题有些多,麻烦up了。
【回复】请问你解决问题了吗,我也遇到了相同的问题。GO富集导出的文件需要怎样分析和处理数据那?[微笑]
【回复】在别的up那边听到了完整解释,大概意思是网页下载的信息按P Value排序的,点开可以看到P Value列的数据,里面有……E-29之类的值,意味着是E前面的数据乘以-29次方,而P Value值越小数据越可靠,所以排在前面的都是我们需要的核心内容
【回复】回复 @薄奥 :意思是直接取下载的表格里的前20个吗?
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