Autodock分子对接完整步骤（含对官方文件解读）

Glasslip够坑:
up主您好，首先感谢您的autodock的教学视频，真的是收获满满，已经[热词系列_三连]！想问一下，我是用pdb上一个没有小分子配体的蛋白结构和我的小分子对接的，对接结果中的clRMS和refRMS需要关注吗？我的refRMS高达100+，然后我用pymol计算了一个对接构象pdbqt和小分子pdbqt的rmsd=1.637，是不是只需要看这个结果就行了，不用关注refRMS呢？

【回复】是的，不可以看refRMSD，因为那个是和小分子在导入autodock后的初始位置坐标进行对比，就是一个分子跑到另一个位置，原子坐标变化很大，即存在很大的系统误差。但PMYOL的RMSD只是拿对接前后的原子坐标进行对比，只在一个位置上，即只存在分子的旋转，忽略分子移动，变化不大
【回复】回复 @DS医学生 :UP主我还有一个问题想请教，我对rmsd的理解是，如果是拿已知的小分子和蛋白的共结晶结构，把小分子和蛋白拆开去做对接，然后和原小分子做rmsd的计算，如果rmsd越小就说明该对接方法越准确吧？ 但如果我是拿蛋白对接一个未知的小分子，那这个rmsd值是不是就没有太大参考价值了呢？
【回复】回复 @Glasslip够坑 :第一个问题是的。第二个问题，也会有的呀，就相当于上面的话题，和初始前后的各原子坐标对比了。只不过第一个问题里计算会涉及到分子的相对移动，第二个不会。
DS医学生:
P15用到金属离子参数材料的百度云链接 链接：https://pan.baidu.com/s/1KxT2afwxJvZvAka-k40MdA 提取码：u5as 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦。这里再提醒一下同学们，不要只给gpf编辑开头，别忘了也给dpf编辑，不然你会觉得流程很顺畅，可是没给dpf编辑会有漏洞，并且结合能会被影响[2021]

【回复】回复 @彤影小公主 :我给的参数文件里如果没有的话，那我也不知道怎么办了[笑哭]
【回复】我在记事本输入了第一行添加的东西，它还是闪退了[笑哭]
【回复】我一边看一边装，看完发现都有安装包。。。。。
求两不疑出小说:
请问这个要怎么解决呀，谢谢 我是在最后显示对接分析，导入dlg后出现了ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "D:\AutoDock\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "D:\AutoDock\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit d.readDlg(dlgFile) File "D:\AutoDock\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg self.ch = ConformationHandler(self.ligMol, AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'

【回复】我也出现了这个情况，去用记事本翻了dlg文件后发现末尾报错为扭转键(Torsions)大于了32个，解决方法是在File导入小分子配体时点击Ligand-Torsion Tree-Set Number of Torsions，将数值由0设置为32再保存为pdbqt文件，后续步骤不变。如果看到dlg文件里有类似报错的同学可以试试看[拥抱]
【回复】回复 @深渊之浅 :你最开始的蛋白文件名或者小分子文件名是否全是英文？我也遇到了这个情况，后面发现是因为我的文件名有个括号，所以就出现了这个问题，删了之后就ok，如果不是这个原因的话我也不知道了
【回复】什么空格，标点，路径我都看了，没有问题，还是一样报错，有没有大佬能解答一下啊[大哭]
青赤黄白黑:
提供一个解决autogrid提示错误和小窗口闪退的思路：一autodock的两个exe文件autodock.exe、autogrid4.exe和mgltools中的adt.bat一定要下在一个文件夹中，我是重新下载的 二run autogrid的cmd栏需要加引号“”，-p "路径/nnew.gpf" -l "路径/nnew.glg" & 三我用的11系统，直接查看文件夹没有map文件，但是操作过程中是有显示的

【回复】借楼，最近做的时候也发现了这个问题，在点击autogrid(或autodock)后会跳出来一个方框，可以检查一下路径是不是直接显示autogrid4,如果是的话可以点击第二个browse,选择自己文件夹里的autogrid4(autodock4)并保存，就可以正常运行了，个人情况。
【回复】un autogrid的cmd栏需要加引号“”，-p "路径/nnew.gpf" -l "路径/nnew.glg" & 三我用的11系统，直接查看文件夹没有map文件，但是操作过程中是有显示的 这里没太看懂[笑哭]
文不雯:
up主讲得很清楚，声音好听而且清晰，能感受到用心准备了的，内容有理有据，谢谢～(￣▽￣～)~（为了给up主评论，百年勤快的去答了题[喜极而泣]）

【回复】回复 @DS医学生 :小分子Detect Root时出现报错，IDLE 1.2.2 ==== No Subprocess ==== >>> ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "I:\Auto Dock\mgltools_1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "I:\Auto Dock\mgltools_1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autotorsCommands.py", line 2389, in doit mol.LPO.autoroot() File "I:\Auto Dock\mgltools_1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 929, in autoroot self.RBM.autoroot() File "I:\Auto Dock\mgltools_1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 2127, in autoroot if len(item.bonds)==1 and item.bonds【0】.leaf: AttributeError: Bond instance has no attribute 'leaf' 这应该怎么解决
【回复】我借一下这个楼，大家如果在评论区没找到答案，可以移步去这篇疑问汇总专栏里找哦https://b23.tv/QZsdCK
【回复】请问博主我导入大分子蛋白质文件时显示：non-integral charge on correct 3 residues: MET1 0.057 ASN24 0.006 PRO553 0.057
身心健康科研顺利:
感谢楼主，21年的时候跟着您学习的分子对接及其可视化，笔记记了满满几页，当年已经顺利发表文章并且即将毕业，你教的特别好，现在在帮老师做，又翻到了当年的笔记，特地来感谢一下您～

【回复】回复 @梦想只为努力 : 看情况，你看他晶体结构文献有些是甘油啥的，直接删了，有些是buffer中的离子，删了也行，有些可能是辅酶啥的，这种就不一定能删了，还有些可能就是抑制剂或者底物分子，删了也行
【回复】你好，我想问下，大分子从PDB下载后，原有的小配体是否需要删除？如那种形状为球形的分子？感谢求解！
bili_72706462708:
您好，我在安装时碰到了一些问题：1、为什么要用pathon2.5以下的版本？我找到有个帖子说3.1的可以不要自己改环境变量，在安装的时候就可以选择加入 2、我安装的是3.1版的，Autodock是4。2。6，运行后出现的一个提示界面似乎是pathon2。7的。按提示按”enter“就闪退了。我卸载后重装pathon 2.7版也还是同样的问题。请问怎么解决这个闪退的问题？ 3、我想重新安装Autodock,但是找不到办法卸载。直接删除后，想重新安装到原路径就无法装上。请问有什么办法卸载或者解决这个问题么？

【回复】回复 @夜行白泊居 : 大概一个星期后解决了，现在有点记不清。找了一下当时做的记录，应该是“MGLTools用1.5.6、1.5.7最新版。下载后必须放在根目录下，安装目录的路径不能有中文，否则安装后无法使用”。我当时安装的目录好像是有中文的。彻底卸载的问题我是找个同学远程帮我搞定了，各种奇怪的操作，好像还改了注册表，才卸载了
【回复】1.好像是版本的问题，python版本太高就不适配autodock了,所以就用2.5的版本呗 2.你可以彻底卸载autodock，然后再重新安装，推荐你一个专门卸载电脑上软件的软件：geek,它可以卸载电脑上的顽固软件，你可以试试，说不定就可以解决闪退的问题。
【回复】回复 @清风语青枫 :打开方式搞错了。autodock打不开的，用autodock tools。点击add.bat文件才能打开运行
九洵:
首先感谢up主~这是我见过最完整最有用的一个视频了，第一次做的时候很顺利！ 不过后来换了一个蛋白质，就出现了一些报错，什么adding gasteriger charges.....发现有些人也和我的报错一样，我把我找到的解决步骤也贴上来（） File > Read Molecule> Select Protein File (“.pdb” file) Then: Edit > Hydrogens >Add>>>>>> Polar Only >OK Edit > Hydrogens> Merge Non Polar > Continue (in this step if you see any warning please click on "continue") then: Edit > Charges > Add Kolman Charges> Ok File > Save > Write PDB> >Sort Nodes (Check) > OK > (Overwrite) YES

【回复】回复 @arrrrrrrrrrrrt :pubchem网站上可以下载
【回复】在线小白请问一下，小分子要怎么找啊
榴莲啊啊啊:
这边建议每个视频分开，这样我就可以每个都投币了

洛氟沙星:
出现python shell Python2.5.2(r252;60911,Feb 21 2000,13;11;45)(MSC v.1310 32 bit (intell) on win32 Type ''copyright,'' ''credits'' or ''licence()'' for more information ...................................................................................................................................................Personal... 怎么解决？

【回复】各位，我安装完也出现打不开的现象，不过后来右键以管理员身份运行就可以了
【回复】方法一：用管理员身份打开 方法二：之前可以正常使用autodock，但是后来打不开是因为上次默认的文件夹发生了改变，恢复原来文件夹的位置以及名称，再用管理员的身份打开就可以了。
小艾同学超赞的:
导入以后 受体蛋白和小分子配体的距离太远，盒子包裹不住怎么办呢

被嫌弃的苄硫醇:
请问up主和各位小伙伴，为什么选择去水加氢的的蛋白质成为受体的时候出现了一堆红色的代码，在线等，急

【回复】一样[大哭]，有解决吗[撇嘴]
【回复】把文件的横线中文等一些乱七八糟的命名删除，只需要用数字和字母命名就行
【回复】回复 @瑶瑶璐璐的 : 我去，我也打不开了。。咋办啊
十木Kristi:
up主我想请问一下，在用pymol作图的时候发现显示的氢键和autodock上对接出来的相比会少一些，这个应该是更跟不同软件对于形成氢键的定义不同相关，但具体以哪个结果为好呢？或者pymol作图时可以自己再加氢键吗？

【回复】回复 @68970552186_bili :可能是两个设置的参数不一样，大概就是二者对氢键形成的判断有异，我也不知道该怎么具体解决，有段时间没碰分子对接了_(:D)∠)_ 不过既然是基于autodock预测的，pymol只是作为一个可视化工具，那我建议还是按autodock给的来吧，可以捣鼓捣鼓一下怎么让多余的氢键在pymol上不显示，只是建议建议，我不太专业。
【回复】回复 @DS医学生 :问题解决了，应该是pymol没有显示完全的缘故。可以选中本该成键的那个残基的一部分原子（选多了可能会显示和其他残基的氢键）然后再find找极性关系一般就可以显示出来那个漏掉的氢键了。
【回复】回复 @吃货小呆瓜 :我后来就自己根据auto dock计算的氢键连接的氨基酸，在pymol上一个个找出来自己手动计算键矩了
隔壁小老公:
up主您好，首先感谢您的autodock的教学视频，真的是收获满满，请问我运行Run AutoDock的小窗口很快就结束了，DLG文件的大小也只有3kb，往下再进行就会报错，是怎么回事呀[tv_大哭]

【回复】我同样的情况，没有空格和字符还是闪退
【回复】很可能是dpf文件参数不对哦，或者检查下自己的工作目录这个文件夹名字有没有空格
【回复】Change "MAX_RECORDS" in "constants.h".你是这样吗
Tummy丶:
up主您好，我的问题是我打开autodocktool时，就闪退了，进度条读到百分之8就闪退了

【回复】回复 @琅岐白头翁 :嘿嘿嘿 没事 因为我也是被他救大命啦[脱单doge]
【回复】我也出现这样的问题，使用很久了 今天突然出现这样的情况，顶上去[委屈]
【回复】回复 @随夏starry : 兄弟感激，困扰我好几天了，显卡禁用后就恢复正常了
bili_34409742996:
> pheatmap(rt) Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10) 此外: Warning messages: 1: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA 2: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA 第12节

晓墨柠:
我要问个问题，我第一次对接成功了，但是我发现我的大分子上没有把配体都删了然后又重新来，就不能操作。autodock 在grid这步的时候 没有map文件生成 一秒钟就结束了 然后docking那步也是很快结束 没有glf文件生成 是哪里有问题呢

【回复】回复 @绿色00FF00 :pymol打开蛋白质文件，中间输入栏之间输入remove organic，回车，就会自动消除全部残基和原配体；同样的操作，输入remove solvent，回车，还能一键清除全部水分子
【回复】跪求大神 小框一闪而过 直接就没了😭
【回复】我也没有map文件，那个小框都没有出现
是于小七呀:
请教一个问题，为什么把两个pdbqt的文件导入autodock然后换蛋白显示的格式的时候就会跳出python shell

【回复】我也是！！！请问解决了嘛