导师放羊，自救之路在哪里？大师兄文献带读第一期#1

S念安:
我就是那只羊[笑哭][笑哭][笑哭]还没有师兄师姐，课题没有，实验技术不会，研一马上过完，除了焦虑一无所获，只能想办法自救，很庆幸在B站刷到了大师兄的视频，全是实用干货，学了师兄的怎么写文献综述，我一个无所事事的人也开始动笔了……特别感谢大师兄……目前没有确定课题，感觉读文献就没有兴趣，再加上有焦虑情绪的影响下感觉读文献困难且读后一无所获……之前看了大师兄的视频，目前已经开始从优秀博士论文开始读起了，也想跟着大师兄的文献带读继续深入对文献的学习……感谢我的云导师

【回复】我有导师push，还有师兄监工，但从来没有什么对我个人研究方向上的实际指导，平时都是安排一些和我课题无关的横向杂活，只不断派活加疯狂催命要结果，一旦没做出来或没达到他的预期还会人格羞辱。中途还反复更改我的研究方向。我们是所谓交叉学科，所以导师研究的和我研究的核心甚至可以说毫不相关，只是他自己可能需要，我都怀疑他可能根本不懂，读什么文献没有给我推荐，学什么没有指导，问创新点哪里找还训我干嘛想那么多......隔一段时间就给我们要绩效，还美其名曰，他跟别的导师不一样不放养我们。我和导师的关系就是免费乙方和甲方的关系，我自己还得想自己我怎么毕业......不明白研究生怎么会读成这样[生病]
【回复】回复 @BR2摸鱼 : 现在怎么样了，以我的经验，师兄监工的活看情况，自己没空就说我没空，我没时间，等我做完我的事情，师兄这种东西，比较好拿捏，嘴上答应，手不动，装个样子，做几次滑溜的避开，不吃那个亏能避免的，要不就去搞破坏，搞他的试验，改他的数据，摊给你的活骂你，你就录下来， 装抑郁，装压抑，去医院做个心理测试，把心理状态找个时间开小会的时间提出来，自残倾向做出来，把自己伪装成一个焦虑，狂躁，找学院书记倾诉自己的心理压力，自己遭遇的处境。给导师，给师兄找点小麻烦，把你自己遭受的困扰变成自己的助力，你们大部分人还是太单纯了，太容易被拿捏就是要找第三方因素去改变自己的状态，让自己更轻松的毕业。最重要的一点是，你要学会克服学术压力，你自己都能搞懂的情况下，会游刃有余，而不是吃力，压力，把控自己科研项目的主导地位，你要花自己的时间搞自己的课题，不要帮什么师兄天天干杂活，帮他干啥，给你发钱了，请你吃饭了吗，帮你做课题了吗，想办法多去麻烦他，多折腾他，多搞他一段时间，你看他还舒服不
【回复】挖槽哥们我和你一模一样，只是我有师兄师姐，但他们也不会教我做实验
激动到睡不着觉的喜欢:
可以看得出师兄的对这篇论文驾轻就熟，肯定是花了不少功夫才达到这个level的。感谢师兄。 但由于缺少科研经历，感觉让自己设计时还是会不知所措，不知道哪些该重点研究论述，哪些一带而过引用他人成果就行。针对这篇论文，我也没有明白TREM2阳性的mo-macs和普通的mo-macs对肿瘤细胞胞葬的区别，还有就是，细胞吞噬作用是不是包括胞葬？

【回复】是需要积累的，只要愿意按照正确的思路去做，假以时日，必定能做到读懂文献与科研思维的飞升。你的问题很好，有些地方需要自己重点论述，有些引用文献就可以，这个会在后续的文献带读中继续深入讲解。
【回复】我查了一下，胞葬作用（efferocytosis）是细胞生物学所描述的吞噬细胞将程序性死亡的凋亡细胞移除的过程。吞噬作用是一个更大的概念，（Phagocytosis）是指细胞吞食细菌、寄生虫、死亡细胞、细胞残骸、和外来碎屑的过程，当中涉及了一连串的分子机制。
【回复】广义上的细胞吞噬确实是更大范畴，包括胞葬。
迷迷糊糊小医:
我是从《最强综述文献写作教程》就跟着大师兄学习了。彼时我博士一年级入学不久，没接触过基础科研，可以说是纯纯的科研小白。 转眼间已过半年，这半年来，几乎大师兄的每期视频我都有跟。从查找文献、阅读文献、读懂SCI、理清SCI逻辑，再到实际应用-综述写作手把手教程、ChapGPT视频教学，每一期视频都是精华，力图让我们更容易接受、更容易理解一种新的概念。 一个月前收到大师兄要开展文献带读教学信息时，我感觉又像找到了又一指路明灯。尽管看了很多文献阅读教学视频，但自己在实战中应用时，总是很难理清文章内在逻辑，又找不到其他人咨询讨论，因为大家水平都很有限，又要忙于各自工作。下午跟了大师兄第一期直播，真的，我觉得听大师兄讲解文献过程是一番享受，讲的真的很容易懂，而且条理清晰，对于没有多少科研沉淀的我而言，听完之后都能弄明白文章脉络八九成。如果能够长期在这种科研氛围下熏陶，我相信我的科研思维能力会有所增长！我自己在阅读这篇文章的时候，可能是因为没有相应知识背景，光是引言部分，我就看了好久，把握不住作者切入课题思路的要点。跟着大师兄的思路走一下子就把思路捋的比较清楚了。同时，收获了论文当中的每一部分结果一定是基于文献和实验数据，找到一定思路后再通过实验去进行验证的！

【回复】非常好的感悟总结，的确需要一定积累，才能游刃有余，在正确的方法引导下，假以时日进行积累，相信你一定蜕变！
【回复】回复 @薏米不粘锅 : 哈哈，一起加油阿！
一只小猪猪肉:
‍读文献小白的一些感悟： 1.通过读文献的背景，来进一步向下思考，思考下研究的意义（为什么研究）； 2.可以去追踪他的通讯作者，查看通讯作者的研究方向，方便更好的找相关文献； 3.读文献的研究进展（有哪些文献也研究了这个问题）； 4.读一些专业名词术语，及时进行记录，增加自己的基础积累； 5.课题相关文献多看多积累，可以按照四步法去分析文献内容； 6.通过实验数据分析来提出科学性假设，再进行Rescue实验论证因果逻辑关系； 7.每次阅读完文献，要能提出问题，才能消化成自己的。

大家都爱潘老师:
1. 读一篇文献，可以去追踪他的通讯作者，看一下通讯作者的研究方向。 2. 思考作者论证的每一个通路的落脚点，也就是为什么他会这么选择？ 3. 选题可以从别人的测序结果中寻找。 4. TREM2+这种巨噬细胞的产生，是否是肿瘤细胞的无间道？所以说某些基因表达高，究竟是结果，还是原因？ 5. 文章最终都要回到转化，这才是最终的意义。 6. 课题设计+逻辑证明四步法 7. 对于每次阅读完文献，需要对文章进行梳理，学会提问，是将文献学习，内化为个人科研能力的最佳方式。

阿呆豆豆:
文献对于读研/科研的意义： 文献即一切！ （选题、实验设计、课题设计、写作、标书等） 文献的不同层次 第一层次：看懂字面意思，不知前因后果 第二层次：看懂...

【回复】非常棒的笔记整理，第一期后两节我们将进行逻辑重建加课题设计还原思考，继续跟进
【回复】回复 @做科研的大师兄 :为什么要选择trem冠名表达增多的那些基因呢
syslhc:
高质量的大子刊或顶刊，必要条件就是逻辑链清晰而且实验证明过程完整。逻辑的步步深入一个是来自于已知其他文献证明的结论，一个是自己实验获得的数据；而实验过程的完整性也要参考高质量文献才能知道怎样证明一个结论才是完整的。大师兄对于文献的讲解，不仅是在讲这一篇文献的逻辑与看图，更是教会我们怎样从文献中寻找自己所做课题的思路与创新点，受益匪浅[星星眼][星星眼]

【回复】一起加油呀，多多交流，共同提高
金狗贝儿-:
这个机制做的太深入了，适合职业科研选手去做。 但是大部分学医的都是想当医生而且比较普通的人，希望大师兄可以说一些oncogene，cancer research这种杂志的文章，感觉比较适合医生做 不知道我的理解对不对[捂眼] 意思就是作为年轻临床医生，适合做哪类课题

【回复】不是这样的哈，如果想发到oncogen这类期刊，那学习的对象就要是更高层次的，大子刊上的文章机制会很深入，但是对于形成严谨的科研思维很重要。刚开始会有点难懂，但是只要有点感觉，就应该坚持一下，积累几篇20篇之后，你再回头看，oncogene一类的文献就非常简单了。
【回复】回复 @做科研的大师兄 : 非常感谢师兄的回复！确实是这么个道理，取法其上,得乎其中；取法其中,得乎其下 从这种大子刊上能学到很好的逻辑思维，但是对于临床医师来说感觉这样的文章不适合真正去模仿来做，难度太大[大哭] 还是那种经典的A→B→C→表型→疾病这种模式的比较好模仿[捂眼][捂眼][捂眼]
【回复】回复 @一个趋势投资者- : 是的，这种经典的A→B→C→表型→疾病机制模式的大子刊也有，后面带读会选一篇来看
功樾:
今年研0，导师让看论文时，仿佛只是机械般的去理解文字层面表浅的意思，以及习惯性的去总结套路模板，仔细听了师兄的分析后，才发现深层的逻辑，逻辑的严谨性，逐级紧密的推导；看懂别人的思路，并能自己思考实践，才应该是阅读时应该加以重视的。如此一层一层抽丝剥茧的去分析，确实要比之前一个人盲人摸象地摸索要有意思得多

肥耳垂_:
重点是，静下心来，以这样的方法看20-30篇文献，可达到质的飞跃。

未来的Pomelo:
打卡，老老实实看文献吧还是，老板不靠谱，只能靠自己了，还剩下不到一年的时间，只要努力还是有机会的，加油

【回复】加油，我也是还剩不到一年，现在还啥也不是呢，之前都荒废了，这眼瞅着研二快结束了，马上中期答辩了，我们一起加油!
钢铁联合协会:
我巴不得导师放羊，只要你要求不是特别高，随便发1～n篇低分SCI满足毕业要求，剩下的时间想干嘛干嘛，爽的很。

【回复】对于没有指导能力的导师，放羊确实反而更好
【回复】回复 @做科研的大师兄 : 我导师又没能力，又不放养，请教她，她什么都叫我问师姐师兄。老是叫师姐否定我的方案[笑哭]。
【回复】导师会让你发低分的吗？
Millian_:
已有信息的推理和实际现象表型不符->可能存有潜在机制 如何细化方向？从组学数据或者已有研究入手，找到可疑的对象（但我还是不清楚为什么会直接定位到TRME2， 单看测序数据感觉TRME2只是可以拿来考虑的基因，不是数据中的最优选择。这个选择方向难道是课题组原有的项目积累吗？而且为什么能够怀疑是TRME2调控TRME2 program的呢） 在确立了对象后，就是分析数据，根据数据和已有文献建立相关性（文献通路相关资料以及做单细胞得出来的通路富集推测其功能）和推测，用rescue实验验证推测。

【回复】能写下来这么多，肯定是有点感觉了，那就好，坚持下去。这里为什么选择TREM2，就是更深层次的思考了，也很有可能是本文实际上的研究起点（不同于文中的introdction讲story所说的起点），那就是很可能这篇文章前期做了TREM2的敲除小鼠，接种肿瘤，发现了可以激活免疫，然后才有了后面的设计。这也很可能就是为啥选择TREM2的更深一层次的原因。
serioinp:
肿瘤研究基本实验设计思路：①发现或构建表型；②探究潜在机制；③rescue实验验证机制；④提出work model

【回复】整体框架思路是这样的，其实这套思路不仅适用于肿瘤，在其他方向也可以借鉴
潇氵西人生123:
半年来一直都是在实验室做流水线的工作 完全没时间读文献 不想毕业了就是个实验技术员的水平 谢谢大师兄的带读 希望通过后面的带读能在科研思维上有所进步[保佑]

【回复】我的带读主要是为大家提供读懂文献的内功心法，需要用这个方法，多去解析高质量的文献（20-30篇），假以时日，必定做到科研思维的飞升
迷迷糊糊小医:
自我小结一下本文主要内容：作者从发现非小细胞肺癌组织中NK细胞浸润比例和单核巨噬细胞比例成反比入手，试图从中寻找诱发免疫抑制单核巨噬细胞中的分子标志基因。作者通过小鼠建模验证肺癌组织中存在TREM2+Mo-Mac。通过实验证明巨噬细胞胞葬作用可以激活TREM2+表达，从而促进肺癌发生发展。机制上，TREM2+Mo-Mac通过调节IL-18/IL-18BP和IL-15进而影响肺癌组织中NK细胞的数量及活性。意义，通过联合TREM2抑制剂和NK细胞激动剂可以进一步增强抗肿瘤杀伤作用。 基于这篇文献，在听完大师兄讲解后，我仍然存在一些疑问，希望大师兄能够抽空帮忙解答一下： 1、作者团队通过差异基因分析筛选出肿瘤组织中滞留的肺泡巨噬细胞和单核巨噬细胞的差异基因，其中众多差异基因当中作者选择TREM2基因作为主要切入对象，最最主要的原因是基于作者团队的既往发现吗？还是通过逐项查阅差异基因各自发表的文章及其功能，最终定下TREM2。 2、还是不够理解大师兄在视频中提及的全敲除TREM2和特异敲除TREM小鼠模型，为什么全敲除TREM2需要利用嵌合模型进一步验证。如果可以的话，还是希望大师兄能帮我解解惑。 罗里吧嗦写的比较多了！希望大师兄不要嫌弃！很感谢大师兄在忙碌的科研生活中仍旧坚持给我们科研新手输出高质量教学视频！

【回复】能思考到问题1，非常不错。这里为什么选择TREM2，就是需要更深层次的思考了，也很有可能是本文实际上的研究起点（不同于文中的introdction讲story所说的起点），那就是很可能这篇文章前期做了TREM2的敲除小鼠，接种肿瘤，发现了可以激活免疫，然后才有了后面的设计。这也很可能就是为啥选择TREM2的更深一层次的原因。
【回复】第二个问题，为什么要做嵌合体小鼠模型，这里我在直播时其实没有讲的特别清楚。这里做嵌合体小鼠模型的主要目的是为了证明TREM2就是导致TREM2 program的一个原因而非结果。为什么要证明这个问题呢，因为后面要做靶向TREM2的治疗，治疗的前体就是TREM2必须要是一个开关（因），导致下游TREM2 program的激活，这才是做嵌合体的原因。我直播时说的全敲和条件性敲除这里其实有点不太恰当，可暂时忽略。
【回复】发表的文章讲述story的方式往往和实际上如何选题开展实验的方式和顺序是不一样的，当有一定积累之后，也就能够看文献时猜到他们很可能是如何真正开始一个课题的（往往不是如文章所描述那样）
宿福:
读文献三个层次 字面意思 因果 逻辑+应用

【回复】有时间的话希望能再深入整理一下哈
小肥肥来的丫:
最近，我看到了大师兄发布了第一期的文献带读分享，我马上点开观看，而我不禁感叹，大师兄的分享太棒了！对于一直被放养的我们这些学生当来说，大师兄分享的知识点非常有价值，简直是为我们带来了一场学术盛宴。我深深感觉到，大师兄的分享不仅仅是讲解和介绍研究成果，更是用他的智慧和热情激发我们的思考和学术兴趣，让我们能够更加深入地了解一个领域的研究方向和前沿趋势。

【回复】怎么读起来有股子AI（chatGPT）的味道[笑哭]