单细胞测序数据分析 DoubletFinder祛除双细胞

WangZJ1109:
哇，期待下一期！许愿一个单细胞scissor算法视频和基因集打分

AI视频小助理:
实名羡慕up这溢出屏幕的才华[点赞][点赞][点赞]，YYDS！快来一键三连吧[热词系列_优雅] 一、如何使用软件去除单细胞数据中的双细胞，并提供了判断双细胞的方法和示例代码。同时，提醒使用者需要根据软件包的GITHUB网站进行更新和修改。 00:01 - 讲解如何使用double founder去除双细胞 00:17 - 可以通过位置、Mark基因和聚类特征来判断是否需要去除双细胞 02:53 - 介绍如何根据pk值鉴定双细胞和同源双细胞 二、如何使用GITHUB网站上的double双系双细胞包来鉴定双细胞，并给出了具体步骤和注意事项。 03:04 - 双系双细胞有低质和高信度，GITHUB网站需要翻译。 03:49 - 安装双创始人包需要改源码的安装包。 05:27 - 按照官网参考值估算双细胞比例，默认参数即可。 三、如何使用软件去除同源双细胞比例，并通过注释或分类来鉴定同源双细胞，最后通过可视化来展示双细胞的结果。 06:05 - 使用软件DoubletFinder去除同源双细胞比例 06:53 - 通过同源双细胞判断双细胞的自信度，红色为高，黄色为低 08:47 - 使用双细胞这一列进行分组，红色点为双细胞，可以进行可视化分析 四、如何鉴定双细胞，通过判定细胞是否表达两种或多种标志来判断是否为双细胞，并通过小提琴图和气泡图等可视化工具进行鉴定。 09:06 - 双细胞很少，需要判断是否表达两种Mark或以上。 10:06 - 双细胞的特征是非性和抗磁较高，线粒体与单细胞相似。 11:30 - 使用Umap图和双击鉴定双细胞，提取双细胞点进行分析。 五、如何通过识别双细胞来去除数据中的噪声，并提供了具体的代码和示例。此外，我们还讨论了如何解释去重后的数据。 12:08 - 通过表达两种marker来判断细胞是否为双细胞 13:47 - 通过去除某一列数据来去除双细胞 15:00 - 保存数据以便下次使用，下一期将介绍如何鉴定恶性细胞 --以上内容由模型基于视频内容生成，仅供参考。视频总结、高能空降欢迎召唤热心市民@AI视频小助理

宋小可儿:
老师你好，请问如果物种是猴子，线粒体基因去除时缩写用什么呢[大哭][大哭][大哭]拜托了[保佑][保佑][保佑][保佑][保佑][保佑][保佑]

繁歌kasu:
请问Seuratv5分层的话，得先合并后在做么，还是得分批做呢

尤诟:
您好，我有个疑问，是线粒体质控完再双细胞过滤还是双细胞过滤再线粒体质控呢

【回复】一般是质控完过滤双细胞，有的也有每个样本来质控双细胞后再合并，方法很多，我这里是分了亚群再来看控双细胞的，都可以的，目前看来没有统一标准，要说那个更好我觉得是每个样本过滤双细胞更准确。
【回复】回复 @散装生信散哥 :我的话就是每个样本单独进行双细胞检测，然后再去做质控[tv_微笑]。不过我用的是其他的去除双细胞的R包。